时间依旧是晚上十一点半。
万众期待之下，《鲁路修》第二季开播，然后又以每周一话的速度持续播放着。
第一季那个充满悬念的结尾，在第二季当中有了答案。
开枪的人是鲁路修，不过并没有打中朱雀，尔后他就被朱雀抓了起来，被带到布里塔尼亚的皇帝面前。
凭借着抓到zer的功劳，朱雀成为了帝国的圆桌骑士。
主角鲁路修则被篡改记忆，被送回十一区，目的则是将C.C.引出来。
第二季的第一话，标题为“魔神苏醒之日”，讲诉的就是主角鲁路修在黑色骑士团残余人员和C.C.的帮助下恢复记忆。
记忆被篡改之后的鲁路修，虽然还是很聪明，但相对来说只是一个普通人，而恢复记忆之后，鲁路修指挥着黑色骑士团，很快就获得了一场小小的胜利。
用一些人的话来说就是：“又爽起来了。”
不过，就算记忆恢复，鲁路修依然面临着许多问题。
比如：妹妹娜娜莉依然没能找到，甚至莫名其妙多出一个名为洛洛的弟弟，关于娜娜莉的记忆，也被替换成洛洛的记忆。
这个名叫洛洛的人，同样拥有异能，只不过是能在小范围内停止别人的体感时间的异能。
他的任务是监视鲁路修，从而找出C.C.，而如果发现鲁路修恢复记忆，就要杀了鲁路修。
另外，学校里面也有人假扮成老师，监视鲁路修。
黑色骑士团那边，曾经的干部，包括扇和藤堂在内，都被抓了。
总之，问题非常非常的多。
鲁路修也不愧是黑色骑士团的领袖，不愧是主角，他一边假装自己还没恢复记忆，一边营救黑色骑士团的那些人，还趁机将假弟弟洛洛攻略了，把洛洛从敌人变成自己人。
然而，就在一切事情都朝着好的方向转变的时候，十一区新任总督的人选确定了，居然是娜娜莉。
朱雀拨通了娜娜莉的电话，以此来试探鲁路修是否恢复了记忆，鲁路修利用洛洛帮忙争取来的几秒钟时间，跟娜娜莉简单说了一下自己的情况，然后，未免恢复记忆的事情暴露，他只能假装不认识娜娜莉。
在娜娜莉被护送来十一区的途中，鲁路修带着黑色骑士团的人发动袭击，希望能将娜娜莉救走。
只是，好不容易见到娜娜莉，娜娜莉却并不知道他就是zer，还说他的做法是错误的。
之后，娜娜莉说出了自己的愿望，希望能继承尤菲米娅的遗愿，重新建立行政特区，然后向当初的尤菲米娅一样，邀请身为zer的鲁路修加入。
鲁路修内心顿时十分动摇。
这时候，总督护卫舰出现故障，即将坠毁，朱雀也驾驭着兰斯洛特赶到。
鲁路修朝娜娜莉冲了过去，想要将娜娜莉带走，然而娜娜莉却主动迎向朱雀。
最终，娜娜莉被朱雀带走，鲁路修计划失败。
这件事情之后，鲁路修大受打击，甚至一度想要自暴自弃，直到后来他才发现，原来他的战斗已经不仅仅是为了娜娜莉。
海底，黑色骑士团众人躲藏的舰艇被找到，眼看着就要全军覆没，重新振作过来的鲁路修出手，助众人渡过危机，接着宣布黑色骑士团全体成员将加入霓虹特区。
这一决定，让包括朱雀在内的众人惊讶不已。
